中心实行以学校和院系管理为主的校、院二级管理体制，分工明确，中心主任主管实验室工作，副主任负责实验室全面管理工作，实验教师负责具体的实验项目的设计、教学和考核工作。实验室安全管理小组由实验中心主任、实验管理员、实验室安全员和学生组成，共同维护和督查实验室的安全。
中心运行管理架构
